相較於重新打造整套燃料電池動力系統，氫燃燒引擎最大的優勢，在於可以延續內燃機數十年累積的製造基礎。對全球汽車供應鏈而言，這代表現有引擎工廠、加工設備、生產線，以及大量零組件供應商，都不必完全淘汰，只需針對汽缸、燃油噴射、點火系統與控制軟體進行修改，即可生產氫燃燒引擎。這樣的特性，對目前仍高度依賴內燃機產業的日本尤其具有吸引力。日本擁有全球最完整的引擎製造供應鏈，包括大型車廠、零組件供應商，以及大量中小企業。如果未來完全轉向純電動車，不僅意味著數十年的技術累積可能被淘汰，更可能造成整體就業與產業結構劇烈調整。因此，日本政府近年持續推動「多元技術路線」，希望純電、燃料電池、插電式混合動力以及氫燃燒引擎能同步發展，而不是押注單一技術。
從成本角度來看，氫燃燒引擎最大的優勢就是「便宜」。燃料電池系統需要大量高成本材料，例如白金催化劑、燃料電池堆、高壓控制系統，以及更複雜的熱管理設備，因此整體成本始終難以下降。反觀氫燃燒引擎，大部分零件仍可沿用傳統引擎架構，不論是研發成本、生產成本或維修體系，都比燃料電池更成熟。這也是近年包括重型卡車、工程機械、農業機具甚至船舶製造商重新投入氫燃燒技術的重要原因。尤其在商用車市場，企業最在意的往往不是能源效率，而是總持有成本(TCO)。若能利用既有引擎平台改用氫燃料，不但可保留快速補充燃料的優勢，也能避免全面改採純電動車所需的大型電池與充電設施投資，因此對長途運輸、建築工程及礦業設備而言，具有相當吸引力。
不過，氫燃燒引擎並非沒有缺點。最大的技術挑戰，在於它並不是嚴格意義上的「零排放」。雖然氫燃燒後主要產生水，但由於燃燒過程仍是在空氣中進行，高溫會使空氣中的氮氣與氧氣結合形成氮氧化物(NOx)，因此仍需額外透過燃燒控制與排氣後處理系統降低污染。換句話說，氫燃燒引擎可以大幅降低二氧化碳排放，但無法像燃料電池那樣真正做到零污染排放。
此外，真正決定氫能是否具有環保價值的，其實並不是車輛本身，而是氫氣來源。目前全球絕大多數氫氣仍來自天然氣重整或煤炭製造，真正利用再生能源電解水生產的綠氫比例仍相當有限。如果氫氣本身仍來自高碳排能源，即使車輛本身沒有二氧化碳排放，也只是將排放轉移到上游能源生產階段，因此整體減碳效果有限。從能源效率來看，氫燃燒引擎也不如燃料電池。燃料電池可直接將氫轉換為電能，再驅動馬達，因此能源利用效率明顯高於直接燃燒；而氫燃燒引擎仍受限於熱力循環效率，其整體能源利用率較低。因此，若未來綠氫供應仍然有限，高效率的燃料電池仍可能是更合理的應用方式。
然而，汽車產業的發展從來不只是技術競賽，更是成本、供應鏈與市場接受度的平衡。過去十年，全球車廠普遍認為燃料電池將成為氫能交通的唯一答案，但市場發展證明，昂貴的系統成本與緩慢建置的加氫站，使燃料電池車始終難以形成規模經濟。相較之下，氫燃燒引擎雖然效率較低，也無法完全消除NOx排放，卻能以更低成本、更快速度導入市場，特別是在重型商用車與工程設備等對能源效率敏感度較低的領域，更具實際競爭力。
從更宏觀的角度來看，這波氫燃燒引擎重新受到重視，也反映全球能源轉型策略正逐漸從追求最佳技術，轉向追求最容易落地的技術。對許多車廠而言，未來真正的競爭，可能不再是純電動車與燃料電池二選一，而是依據不同市場需求，形成純電、插電式混合動力、燃料電池與氫燃燒引擎並存的多元動力架構。換句話說，氫燃燒引擎或許未必會取代燃料電池，但它很可能成為氫能商業化過程中，最先真正實現大規模應用的解決方案。